Для того, чтобы сделать окна проводника по умолчанию (для текущего разрешения экрана), сотрите все параметры, начинающиеся на MaxPosXXX и WinPosXXX (где XXX - разрешение экрана), предварительно закрыв все окна проводника

HKEY_CURRENT_USER\Software\Classes\Local Settings\Software\Microsoft\Windows\Shell\Bags\AllFolders\Shell

Для того, чтобы сделать размеры окон Internet Explorer (9) по умолчанию (для текущего разрешения экрана), сотрите параметр Window_placement предварительно закрыв все окна Internet Explorer

HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Internet Explorer\Main